A Fundação Diamantinense de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Extensão – FUNDAEPE, pessoa jurídica de direito privado, sem fins lucrativos, com autonomia administrativa, patrimonial e financeira, foi instituída em 14 de setembro de 1998, com base nos arts. 24 a 30 do Código Civil e arts. 1.199 a 1.204 do Código de Processo Civil e na Lei 8.958, de 20 de dezembro de 1994, com apoio dos Corpos Docente e Administrativo das Faculdades Federais Integradas de Diamantina  - FAFEID(atual UFVJM) e de Cidadãos Diamantinenses, objetivando o incremento das atividades de pesquisa, ensino e extensão e o desenvolvimento institucional da UFVJM, de Entidade Públicas e Privadas de Diamantina e de outras Regiões, através de assessoramento à elaboração de projetos e administração de recursos alocados aos fins a que se destinam.
Encontra-se localizada no Município de Diamantina – MG, com sede em instalações físicas cedidas pelas UFVJM.
De acordo com o art. 4º de seu Estatuto “A Fundação na consecução de seus objetivos poderá firmar convênios, contratos, ajustes, acordos, articular-se pela forma conveniente, com órgãos ou entidades públicas ou privadas, e ainda exercer a exploração de atividades comerciais”.
A partir de 1999, a FUNDAEPE vem gerenciando os Processos Seletivos de Avaliação Única da UFVJM e o Processo Seletivo de Avaliação Seriada – SASI, sendo responsável pela preparação, divulgação, realização e avaliação destes processos, bem como, os Concursos Públicos para Técnicos Administrativos da UFVJM.
A criação da FUNDAEPE veio também viabilizar a implantação dos Cursos de Especialização Lato Sensu da Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri-UFVJM, os quais, além de estarem oportunizando a capacitação dos profissionais em diversas áreas, através das atividades práticas dos Cursos, prestam expressivos e relevantes serviços à comunidade de Diamantina e de toda Região.
A FUNDAEPE, além de dar suporte à UFVJM no gerenciamento de suas Obras de expansão do espaço físico, tem sido apoio em todo processo de expansão pelo qual passa a Instituição nestes últimos anos.
Entre os Projetos de expansão, a FUNDAEPE gerencia os Projetos da FINEP para construção de Laboratórios no Campus II e no Campus Avançado do Mucuri na cidade de Teófilo Otoni – MG.
A FUNDAEPE acredita que os esforços para melhoria precisam ser realizados por toda sociedade brasileira e, especialmente, por aquelas organizações que possuem algum vínculo com esta região e estejam interessados no seu desenvolvimento sustentável.  A geração de conhecimentos, acompanhada da divulgação e adoção de tecnologias, contribuirão para mitigar impactos negativos dos usos dos recursos naturais (água, ar e solo) e reduzir a pobreza, melhorando o bem-estar da população regional e para a fixação do homem rural da Região.
Várias outras ações de caráter social e cultural têm sido desenvolvidas pela FUNDAEPE, através de suas atividades de extensão, eventos: Simpósios, Jornadas, Semanas Acadêmicas.